El resultado del análisis por NIR (muy poca cantidad de muestra), queremos que sea representativo de un volumen mucho mayor como el contenido de un camión antes de la descarga, un lote de fabricación,.....,etc.
En el caso de muestras muy homogeneas, como líquidos, el problema es menor, pero para muestras heterogeneas los problemas aumentan debido a la dificultad de recoger una muestra representativa. Existen toma muestras adecuados para los diferentes tipos de productos.
Se debe de recoger en lo posible una cantidad adecuada de muestra (ejemplo: 1kg), de diferentes puntos y mezclarla muy bien. Una vez mezclada se seleccionan un número de submuestras, que serán analizadas. El equipo puede dar el resultado individual de cada muestra y posteriormente realizar un promedio y desviaciones estándar que nos ayudarán a identificar el error de muestreo. Se pueden fijar límites una vez realizado el estudio adecuado de error de muestreo para cada materia analizada, para que nos avise de la desviación fuera de límites, y por tanto proceder a una mejor homogenización previa al análisis.
Los cálculos de error de muestreo se pueden realizar en la fase que no disponemos de ecuación, en este caso usamos estadísticos de desviación a nivel espectral (Ejemplo: RMS).
Realizar una calibración no teniendo en cuenta los errores de muestreo, trae consigo una pobre correlación entre los datos de laboratorio y los espectrales.
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