22 mar 2012

Export from ISI Scan / Importing into "R"

Some software’s like ISI Scan (Infrasoft International) have a nice feature to export in an ASCII file the spectral data. Every time we analyze a sample in routine, one file with the spectral data of that sample is sent to a folder we have configure previously.
This post was written after checking this point and after that I have imported the spectrum into “R”.
To configure the product to export spectra:


After some preparation of the  file and some work in "R", we can see and work with the spectra. We have seen in previous post how to read file into R with for example: "read.table".

5 comentarios:

  1. How can you export to ascii from isiscan?

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    1. Joao I add again the picture with this option maked in yellow.
      Acidently I have lost many pictures of the old posts, so I have fix this one.

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  2. In ISI Scan, at the product configuration , there is a box you can check to activate the spectrum export ("Automatic Spectrum Export"), this way every spectrum is scaned is exproted to ASCII in a folder configured in "System Profile". You have to merge all the spectra later, because you have one file for every spectra.

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  3. Hola Jose Ramón, felicidades por este increíble blog.

    Hay alguna manera actualmente de hacer esto?

    Con las nuevas versiones de ISI Scan y Foss Manager, solo permite exportar los espectros en formato .NIR que no puede abrirse con programas como Matlab, no se si R, Unscramble u otros son capaces, pero no lo creo.

    Antes lo que hacia era copiar las columnas de abs vs wavelength en winISI, pegarlas en excel y ya lo abría sin problema, pero lo cambiamos por FOSS Calibrator donde no está presente esta función.

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    1. Hola Andrés y gracias por los comentarios.
      Supongo que más tarde o más temprano Foss tendrá que añadir esta opción que por el momento no tiene.
      Siento que sea así, por lo que espero que desde Foss te puedan dar una solución para que lo puedas hacer. Yo siempre he usado el Win ISI para hacerlo.
      Gracias de nuevo.

      Saludos

      José Ramón Cuesta

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